Estudió flauta dulce y oboe en el Sweelinck Conservatorium de Amsterdam, donde obtuvo el diploma de solista en 1981, en la misma cátedra de la que hoy en día es profesor de flauta dulce e interpretación histórica. Desde 1978 es miembro del afamado cuarteto de flautas dulces “Amsterdam Loecki Stardust Quartet” con el que hasta el pasado año ha ofrecido regularmente conciertos en los cinco continentes y ha grabado numerosos discos. Es también fundador del conjunto de música barroca “Collegium Atlantis” y del grupo “The Royal Wind Music” dedicado al repertorio renacentista. Es autor de diversas composiciones y arreglos para flautas dulces publicadas por las editoriales Moeck, Ascolta y Huzza!, y da regularmente conciertos y masterclasses para CAMMAC, The American Recorder Society y SANB (Fundación Austriaca de Música Contemporánea). En 1986 inició el Festival Holandés de Flauta Dulce de Utrecht, y desde 1990 dirige el Internacional Baroque Institute at Longy en Boston. (EE.UU). Desde agosto de 2010 Paul Leenhouts será Derector del Departamento de Música Antigua de la “Universidad of North Texas en Denton (EE.UU.)